Incursiunile constante ale cuceritorului spaniol Don Nuño Beltrán de Guzmán către țările occidentale ale țării, pentru a-și spori stăpânirea și puterea asupra acelor teritorii, au dus la înființarea unei noi provincii care a fost numită Regatul Noului Galicia.
Regiunea a fost locuită de diferite grupuri indigene, care au devastat continuu așezările pe care spaniolii le-au fondat în ea. Locotenentul lui Nuño de Guzmán, căpitanul Juan B. de Oñate a primit ordin să pacifice acele provincii și să întemeieze Vila de Guadalajara în locul numit Nochistlán, fapt pe care l-a consumat la 5 ianuarie 1532. Având în vedere atacurile indigene frecvente asupra orașului a trebuit să se mute un an mai târziu la Tonalá și mai târziu la Tlacotlán. Un al treilea transfer a fost făcut pentru a stabili orașul în Valea Atemajac, unde orașul a fost definitiv fondat la 14 februarie 1542 cu prezența lui Cristóbal de Oñate în calitate de guvernator al Noii Galițe și a lui Don Antonio de Mendoza, apoi vicerege al Noii Spanii, care l-a numit pe Miguel de Ibarra primar și locotenent guvernator.
Orașul s-a dezvoltat rapid și a început să concureze cu cel din Compostela (astăzi Tepic), care era atunci sediul puterilor religioase și civile, astfel încât locuitorii din Guadalajara au exercitat o astfel de presiune asupra autorităților Audiencia, încât regele Felipe al II-lea a decis să emită o Cédula din 10 mai 1560 pentru a se muta de la Compostela la Guadalajara, Catedrala, Curtea Regală și oficialii Trezoreriei.
Structura urbană a fost planificată în conformitate cu cea a celorlalte orașe coloniale, așa că dispunerea sa a fost dezvoltată sub forma unei table de șah din ceea ce a fost piața San Fernando. Mai târziu, cartierele Mexicaltzingo și Analco au fost înființate de Fray Antonio de Segovia, iar cartierul Mezquitán, unul dintre cele mai vechi. Casele primăriei au fost, de asemenea, ridicate, vizavi de actualul templu San Agustín și de prima biserică parohială unde se află Palatul Justiției.
Astăzi, orașul magnific, prolific în clădirile coloniale, prezintă un număr mare de exemple arhitecturale relevante, cum ar fi Catedrala sa, un sit de neuitat, construit între 1561 și 1618 de către arhitectul Martín Casillas. Stilul său a fost clasificat ca incipient baroc. Structura sa solidă se ridică în fața actualului Plaza de Guadalajara, cu turnurile sale curioase care, deși nu aparțin stilului original al clădirii, sunt recunoscute în prezent ca un simbol al capitalei Guadalajara. Turnurile primitive au fost distruse în secolul al XIX-lea de un cutremur, motiv pentru care au fost adăugate cele pe care le are astăzi. Interiorul templului este în stil semi-gotic, inclusiv bolțile sale din dantelă.
Alte incinte religioase din secolul al XVI-lea sunt mănăstirea San Francisco, înființată în 1542 lângă râu, în cartierul Analco și aproape complet distrusă în Reformă. Templul său, renovat la sfârșitul secolului al XVII-lea, cu fațada sa barocă cu linii salomone modeste, este păstrat. Mănăstirea San Agustín, a fost fondată în 1573 prin Ordonanța Regală a lui Felipe al II-lea și în prezent își păstrează templul cu fațada sa de linii Herreriene severe și interiorul cu bolți nervurate.
Santa María de Gracia, o altă fundație conventuală, a fost ocupată de călugărițe dominicane din Puebla, construită în 1590 în fața Plaza de San Agustín și plătită de Hernán Gómez de la Peña. Construcția a ajuns să ocupe șase blocuri, deși astăzi persistă doar templul său, cu o fațadă neoclasică din a doua jumătate a secolului al XVIII-lea.
