Născut la Como, Italia în 1702 de naștere nobilă. În Spania, unde ajunge fugind de războiul austriac, primește puteri largi de a încasa pensia descendenților lui Moctezuma în Cajas-urile regale din Mexic.
A călătorit în Noua Spanie în 1736. În cei opt ani de ședere sa dedicat cercetării aparițiilor Fecioarei din Guadalupe, adunând materiale grafice și pictografice considerabile. Promovează încoronarea imaginii Guadalupana, care provoacă neîncredere în autoritățile viceregale. Este luat prizonier și colecția sa este dezbrăcată. Luni mai târziu, după ce a fost deportat în Spania, el se îmbarcă pe o navă care cade în mâinile piraților care îl abandonează în Gibraltar.
Cu lucrări minunate a ajuns în Spania și a luat legătura cu colecționarul Mariano Fernández de Echeverríay Veytia, care a obținut achitarea fiind numit Cronicar regal al Indiilor, funcție pe care Boturini a respins-o pentru a se dedica scrierii despre istoria popoarelor indigene. Deși nu și-a recuperat niciodată colecția, a scris pe ea Catalogul Muzeului Indian. Opera sa este foarte originală și bine documentată. A murit la Madrid la o dată incertă, între 1750 și 1755.
