Născut în Ozumba, statul Mexic, în 1737, a îmbrățișat o carieră religioasă și a fost hirotonit preot la vârsta de douăzeci de ani.
În ciuda pregătirii sale filosofice, de la o vârstă fragedă a fost preocupat de cunoașterea și aplicarea științelor naturale, fizică, matematică și astronomie. Publică lucrări valoroase pe teme științifice în ziarele și revistele din vremea sa. A dobândit renume internațional și a fost desemnat partener corespondent al Academiei de Științe din Paris. Își petrece o mare parte din timp conducând experimente științifice și asamblează o vastă bibliotecă. El este un colecționar de piese arheologice și exemplare rare de plante și animale. Explorează Xochicalco. Pentru a-i aduce un omagiu, în 1884 a fost înființată Societatea Științifică Antonio Alzate, care în 1935 a devenit Academia Națională de Științe. Cea mai cunoscută lucrare editorială a sa este notele la Istoria Antică a Mexicului de către iezuitul Francisco Javier Clavijero. Se spune că este o rudă îndepărtată a lui Sor Juana Inés de la Cruz. A murit în Mexico City în 1799.
