Cu doar trei sau patru luni de ploaie pe an, Colima a reușit să îndeplinească condițiile necesare vieții umane datorită numeroaselor cursuri de apă provenite din părțile superioare ale Volcanului de Foc. Dovezile arată că omul s-a stabilit în această vale în jurul anului 1500 î.Hr.
Cultura cunoscută sub numele de Complejo Capacha au fost societăți agricole și sedentare care au dat naștere faimoasei tradiții a mormintelor cu puț: camere mortuare în care erau depuse ofrande bogate și care erau accesate printr-un puț vertical și rotund de la 1,20 la 1,40 diametru m. În centrul de agrement Tampumachay, în orașul Los Ortices, există trei morminte cu arborele și bolțile originale, iar în interiorul unei serii de vase și instrumente de piatră oferite morților.
Când religia a avut o pondere mai mare în organizarea socială, începând cu 600 d.Hr., au început să fie construite spații ceremoniale din pătrate, curți delimitate și platforme dreptunghiulare de dimensiuni considerabile. Așezările mai complexe din punct de vedere arhitectural nu s-au dezvoltat decât după 900 d.Hr.
Locul care reprezintă cel mai bine această etapă este La Campana. Este o așezare mare - suprafața ceremonială a depășit 50 de hectare - cu o succesiune de platforme dreptunghiulare. În partea de sus a acestor platforme există zone probabil legate de stocarea cerealelor. Există, de asemenea, sisteme rezidențiale complexe care, fără îndoială, ar fi trebuit să fie ocupate de lideri civili și religioși.
Două aspecte se remarcă în acest site: amplasarea mormintelor cu arbori integrate în spații ceremoniale și existența unei rețele complexe de canalizare și canalizare de apă.
Un alt sit arheologic important din Colima este El Chanal, situat la aproximativ 6 km nord de oraș, care trebuie să fi avut o extensie maximă de 200 de hectare. Pe măsură ce se extindea pe ambele maluri ale râului Colima, este cunoscut sub numele de El Chanal Este și El Chanal Oeste. Acesta din urmă, deși nu a fost investigat pe deplin, arată o complexitate evidentă, deoarece are curți, piețe, structuri, canale și străzi. El Chanal Este, pe de altă parte, a fost în mare parte distrus deoarece orașul modern care își poartă numele a fost stabilit pe ruinele sale.
Investigațiile arată că în loc există elemente indicative ale templului dublu, conceptul de bancă-altar și de altare-platforme de dimensiuni reduse, precum și un număr mare de sculpturi în vrac, gravuri și reliefuri din piatră; figuri legate de Xantile; ceramică policromă formând contururi de vulturi și șerpi cu pene; și în cele din urmă, metalul. Dar cel mai remarcabil lucru despre această cultură este prezența fenomenului urban și existența calendarului.
