Deoarece nu știau cât de departe se întindea nordul țării, iezuiții au ajuns în Chihuahua. În secolul al XVII-lea, statul actual a fost constituit în partea sa de sud-vest de ceea ce era cunoscută sub numele de regiunea Chínipas, în timp ce restul teritoriului era împărțit între Tarahumara superioară și inferioară.
Primele încercări de evanghelizare a lui Chihuahua au venit din călătoriile făcute de iezuiți, stabiliți anterior în statul Sinaloa. Primul care a fost construit în regiune a fost cel ridicat de părintele Juan Castini în 1621 și cunoscut sub numele de misiunea Chínipas.
Iezuiții lucrau la munte printre indienii Tepehuanes, Guazaparas și Tarahumara, în timp ce franciscanii lucrau în văi și câmpii. Primul misionar stabil din regiunea Chínipas a fost părintele iezuit Julio Pascual, martirizat în 1632 împreună cu părintele Manuel Martínez. Până în 1680, Fray Juan María Salvatierra a dat un impuls viguros misiunii care a fost consolidată în anii 1690 și 1730. La mijlocul secolului al XVII-lea, misiunile iezuiților din regiunea Chínipas au devenit una dintre cele mai bine organizate și avansate.
La sud se afla Nabogame, unde se mai poate vedea biserica, curatul și casa de misiune construită de părintele Miguel Wiytz în 1744. Baborigame Satevo este situat în aceeași zonă, care a câștigat o nouă vigoare odată cu administrația părintelui Luis Martín. și Tubares, fondată în 1699 de părintele Manuel Ordaz și reînviată de administrația istoricului Félix Sebastián. Acesta din urmă a fost considerat unul dintre cele mai bogate în biserică, casă, vite și ferme. În centru sunt misiunile Cerocahui, Guazapares, Chínipas, Santa Ana și în nord Babarocos și Moris.
Zona Tarahumara Baja a fost evanghelizată pentru prima dată de părintele Juan Fonte, care a făcut prima sa intrare în 1608. În 1639, părintele Jerónimo Figueroa a construit misiunea San Pablo Balleza și cea a Huejotitán (San Jerónimo), în timp ce în același timp părintele José Pascual construia San Felipe. În aceeași regiune Tarahumara se află și La joya, Santa María de las Cuevas și San Javier Savetó, ultima misiune construită în 1640 de părintele Virgilio Máez.
În ceea ce privește teritoriul Tarahumara Alta, care cuprindea centrul și nordul acestei entități, lucrarea de evanghelizare a început de părinții Tardá, Guadalajara, Celada, Tarkay și Neuman. Misiunile incluse în această regiune au fost: Tonachi, Norogachi, Nonoava, Narárachi, Sisoguichi, Carichi, San Borja, Temechí sau Temeichi, Coyachi sau Coyachic, Tomochi sau Tomochic, Tutuaca sau Tutuata, Papigochi, Santo Tomás, Matachi și Tesomachi. La mijlocul secolului al XVII-lea, misiunea iezuită din Chihuahua a devenit cea mai bine organizată și administrată, cu excepția celor din California.
În teritoriul Chihuahuan exista și activitatea misionară a franciscanilor. Obiectivul religiosilor a fost să completeze legătura care exista deja în nordul Zacatecasului, pentru care au fondat mănăstiri în Chihuahua și Durango. Mănăstirile, la fel ca iezuiții, trebuiau să îndeplinească obiectivul evanghelizării necredincioșilor. Clădirile realizate au fost cele ale Maicii Domnului din Nord, care este acum Ciudad Juárez, San Buenaventura de Atotonilco (Villa López), Santiago Babonoyaba, Parral, Santa Isabel de Tarahumara, San Pedro de los Conchos, Bachiniva sau Bacínava (Maica Domnului Nașterea Domnului) ), Namiquipa (San Pedro Alcántara), Carretas (Santa María de Gracia), Julimes, San Andrés, Nombre de Dios, San Felipe el Real de Chihuahua și Casas Grandes.
