Construită pe versanții dealurilor, structura urbană a acestui oraș a trebuit să se adapteze la aspectele topografice ale terenului, deși a încercat să respecte o formă reticulară ca o tablă de șah.
Acest aspect i-a permis în cele din urmă să crească într-un mod măsurat și armonios, care de-a lungul secolelor și-a păstrat caracterul original. Fundația sa a apărut din necesitatea de a proteja și proteja călătorii care tranzitau între Zacatecas și capitala regatului Noului Spanie de atunci, transportând în principal minerale și care erau asediați de nomazi indigeni ai națiunii Chichimeca. În jurul anului 1542, Fray Juan de San Miguel a stabilit în vecinătatea actualului oraș un oraș cu numele Itzcuinapan, dedicându-l pe Arhanghelul San Miguel ca hram. Această populație primitivă a avut probleme grave cu aprovizionarea cu apă, pe lângă atacurile continue și violente ale Chichimecasilor indigeni din regiunile înconjurătoare. Din acest motiv, locuitorii din Villa de San Miguel au mutat așezarea la câțiva kilometri spre nord-est; acesta a fost locul în care în 1555, la cererea viceregelui Don Luis de Velasco, Vila de San Miguel el Grande va fi fondată de Don Ángel de Villafañe. Viceregele a cerut, de asemenea, să se stabilească acolo vecini spanioli cărora li se va acorda pământ și animale, în timp ce indigenilor care locuiau în el li se va ierta tributul și vor fi guvernați de proprii șefi pentru a evita viitoarele rebeliuni.
La 8 martie 1826, Congresul de Stat l-a transformat în oraș și și-a schimbat numele, care va fi de acum înainte San Miguel de Allende, în onoarea celebrului insurgenț care s-a născut acolo în 1779.
În interiorul acestei atractive imagini coloniale, sunt adăpostite câteva palate cu adevărat remarcabile ale vremii. Printre cele mai remarcabile se numără Palatul Municipal, fost primărie construită în 1736. Casa în care s-a născut Ignacio Allende, un exemplu de arhitectură barocă a orașului, mai ales pe fațada sa, și care este în prezent Muzeul Regional. Casa del Mayorazgo de la Canal, cu o frumoasă fațadă neoclasică, a fost finalizată spre sfârșitul secolului al XVIII-lea de José Mariano de la Canal y Hervas, consilier, decan și steag regal. Vechiul conac al lui Don Manuel T. de la Canal, o construcție din 1735 care a fost recondiționată conform unui proiect al ilustrului arhitect spaniol Don Manuel Tolsá în 1809; Clădirea găzduiește în prezent Institutul Allende și pune în evidență lățimea curților interioare, o frumoasă capelă și arcada sa extraordinară. Casa Inchizitorului, care a servit ca reședință a comisarului Sfântului Ofici și datează din 1780. Casa marchizului de Jaral de Berrio, construită la sfârșitul secolului al XVIII-lea, și cea a contilor de Loja cu fațada sa elegantă.
În ceea ce privește arhitectura religioasă, orașul se mândrește cu comori arhitecturale de o valoare extraordinară, cum ar fi biserica și mănăstirea din Santo Domingo, o clădire sobră din 1737. Mănăstirea Leal de la Concepción, care este în prezent Centrul Cultural, Este o clădire remarcabilă pentru terasa sa imensă; A fost construită în secolul al XVIII-lea de către arhitectul Francisco Martínez Gudlño.
Capela Santa Cruz del Chorro, una dintre cele mai vechi; templul Ordinului III, datând de la începutul secolului al XVII-lea. Frumosul complex al templului și oratoriului San Felipe Neri, de la începutul secolului al XVIII-lea; biserica are o exuberantă fațadă barocă realizată în carieră roz și decorată cu o puternică influență indigenă. Interiorul său are o decorare variată și bogată între mobilier, sculpturi și picturi demne de admirat, pe lângă splendida capelă a Santa Casa de Loreto și Camarín de la Virgen, ambele decorate în mod rafinat și datorită devotamentului marchizului Manuel Tomás de la Canal. Lângă oratoriu se află templul Maicii Domnului Sănătății, construit în secolul al XVIII-lea cu fațada încastrată încoronată de o cochilie mare.
De asemenea, printre cele mai atractive din oraș, se află templul San Francisco, din secolul al XVIII-lea, cu frumoasa sa fațadă Churrigueresque, iar faimoasa parohie este aproape un simbol al San Miguel de Allende; Deși construcția sa în stil neogotic este mai recentă, a fost construită pe structura vechiului templu din secolul al XVII-lea, respectând pe deplin interiorul și planul său original.
Foarte aproape de oraș se află sanctuarul Atotonilco, o construcție din secolul al XIII-lea, de proporții sobre, care arată ca o fortăreață și în interiorul căreia se păstrează picturi valoroase din același secol.
