La Encrucijada prezintă mai multe tipuri de vegetație tipică în zona de coastă, care sunt considerate ca fiind cel mai important sistem de zone umede de pe coasta Pacificului american, în principal datorită extinderii, structurii și productivității sale ridicate.
În zonă există, de asemenea, singura comunitate de pădure de câmpie inundabilă joasă din țară, reprezentată de Manilkara zapota zapotonales, precum și zone extinse de tulares Typha latifolia, popales de Thalia și Pontederia dominate de ierburi Phragmites australis, cu sisteme de lagune și prezența unor patch-uri formate din pădure medie și subperenifolia scăzută, motiv pentru care a fost considerată o zonă strategică a zonelor umede care necesită o gestionare adecvată și o conservare prioritară.
Există sute de kilometri pătrați acoperiți cu apă sălbatică în care nu există vegetație capabilă să supraviețuiască, cu excepția mangrovei, arbustului și copacului care aici ating o dezvoltare unică și puteți găsi cele patru specii care alcătuiesc mangrovele: mangrovă roșie Rhizophoramangle, mangrove negre Avicennia germani, mangrove albe Laguncularia racemos și mangrove de buton Conecarpus erectus. În unele locuri dau naștere unor păduri mari de mangrove de până la 35 m înălțime; Acest lucru îi face să fie considerați cei mai înalți din emisfera nordică și America Centrală.
Poate că această plantă va renunța într-o bună zi la marele său secret: este în sine un laborator de plante scufundat în apă sărată și din aceasta rădăcinile iau sarea, o separă și o elimină prin transpirația frunzelor sale. Fiecare plantă de mangrove devine, atunci, un întreg sistem nemișcat care nu folosește mai mult combustibil decât razele soarelui.
