Rămășițele arheologice ale Ixtépete, un centru ceremonial în apropierea orașului Guadalajara din municipiul Zapopan și descoperirile recente ale a peste douăzeci de morminte cu puț din Valea Atemajac, ne permit să deducem că au existat ocupații importante în perioada clasică (200 BC-650 d.Hr.)
Cu puțin înainte de cucerire, Valea a fost locuită în cea mai mare parte de grupuri de Cocas și Tecuexes, adunate în mici sate dependente de stăpânirea Tonallan, care au fost supuse fără prea multă rezistență de Nuño Beltrán de Guzmán în 1530.
La sfârșitul anului următor, Guzmán a întreprins cucerirea spre nord, încredințându-i lui Juan de Oñate să traverseze râpa râului Santiago și, pe cât posibil, dar cu prudență, a găsit o populație spaniolă fără a se expune. Astfel, la 5 ianuarie 1532, în vecinătatea Nochistlán, în actualul Zacatecas, a fost fondată Guadalajara.
Condițiile adverse coloniștilor au determinat transferul acestui oraș la Tonalá, dar șederea acolo a fost de scurtă durată și la scurt timp după ce hispanicii s-au stabilit lângă Tlacotan, unde au rămas până în 1541. Rebeliunea caxcanilor mai cunoscută sub numele de războiul Mixtón a pus în pericol serios stăpânirea spaniolă, a ajuns până în împrejurimile Guadalajara. Odată cu revolta pusă „de foc și de sânge” de armata puternică condusă de viceregele Antonio de Mendoza, orașul a ajuns la pace, dar a rămas fără muncă indigenă, așa că, în căutarea ei, au decis să mute populația, găsind Valle de Atemajac, unde s-a făcut ultima și definitivă fundație la 14 februarie 1542. Ulterior, s-a confirmat știrea că, cu aproape trei ani înainte, regele i-a acordat rangul și privilegiile orașului.
În 1546 Papa Paul al III-lea a creat Episcopia Nueva Galiciei și în 1548 a fost înființată Audiencia cu același nume; Sediul ambelor jurisdicții a fost, inițial în Compostela, Tepic, până când în 1560 a fost ordonată schimbarea acestuia în Guadalajara, făcându-l astfel șeful judiciar al vastului teritoriu numit atunci Audiencia din Guadalajara, capitala Regatului Nueva Galicia și sediul al Episcopiei. Deoarece fiecare oraș spaniol era desenat ca o tablă de șah din ceea ce era piața San Fernando și, de asemenea, așa cum se obișnuia, cartierele indigene Mexicaltzingo, Analco și Mezquitán au fost lăsate în afara planului. Procesul de evanghelizare a fost început de franciscani, urmat de augustinieni și iezuiți.
Treptat, cu dificultăți și contracarate, dar și cu succese, Guadalajara a crescut și s-a impus ca centru economic și de putere, atât de mult încât, la mijlocul secolului al XVIII-lea, un număr semnificativ de oameni bogați din Guadalajara doreau ca Nueva Galicia și Nueva Vizcaya să integreze un viceregat total străin. către Noua Spanie, obiectiv nerealizat deoarece reformele politico-administrative din 1786 erau la orizont, ceea ce a modificat structura teritorială, împărțind întregul viceregat în 12 municipii, dintre care una a fost Guadalajara.
În timpul coloniei, în special în secolul al XVIII-lea, boomul economic a lăsat o moștenire arhitecturală, culturală și artistică, ale cărei mărturii rămân în tot orașul.
Aerele independentiste care circulau pe întreg teritoriul Noii Spanii au pătruns în Jalisco, astfel că atunci când a izbucnit Războiul de Independență în diferite părți ale municipiului, au avut loc răscoale.
La 26 noiembrie 1810, Don Miguel Hidalgo, comandând o armată mare, a intrat în Guadalajara și a fost primit de José Antonio Torres, care luase orașul cu puțin timp înainte. Aici Hidalgo a emis un decret de abolire a sclaviei, a hârtiei ștampilate și a alcabalelor și a sponsorizat tipărirea ziarului insurgent El Despertador Americano.
La 17 ianuarie 1811, insurgenții au fost învinși pe podul Calderón și trupele regaliste din Calleja au recuperat Guadalajara, asumând comanda José de la Cruz, care împreună cu episcopul Cabañas, a anihilat orice izbucnire a rebeliunii.
Proclamată independență în 1821, statul liber și suveran Jalisco a fost ridicat, lăsând Guadalajara ca capitală a statului și sediu al puterilor.
Instabilitatea care a prevalat de-a lungul aproape întregului secol al XIX-lea în țară, agravată de invaziile străine, a făcut-o dificilă, dar nu a împiedicat statul și în special capitala sa să continue dezvoltarea în diferite ordine. Exemple tangibile sunt: în al doilea sfert al secolului, crearea Institutului de Științe de Stat; construirea Școlii de Arte și Meserii, Grădina Botanică, Penitenciarul și Panteonul din Betleem, precum și deschiderea primelor fabrici.
La începutul anilor optzeci au apărut tramvaie urbane de tracțiune animală, lumina electrică a fost instalată în 1884, în 1888 a sosit prima cale ferată din Mexic și cea din Manzanillo în 1909. În anii nouăzeci, Don Mariano Bárcena a fondat Observatorul Astronomic și Muzeul Industrial.
În timpul revoluției, în Guadalajara au existat unele acte de rebeliune împotriva dictaturii Díaz, cum ar fi grevele muncitorilor și protestele studențești, iar Madero a fost primit chiar în 1909 și 1910 cu mari expresii de simpatie. Cu toate acestea, nu au avut loc evenimente beligerante în urma. Pe de altă parte, capitala Guadalajara a suferit un fel de stagnare care s-a încheiat în 1930 odată ce pacea ruptă de războiul Cristeros a fost convenită, începând o dorință de modernizare care nu s-a încheiat.
Vezi și Orașe coloniale: Guadalajara, Jalisco
