Hidalgo a plecat spre Aguascalientes și s-a îndreptat spre Zacatecas. Aici s-a stabilit că principalii lideri, cu cele mai bune trupe și bani, au plecat în Statele Unite.
Odată ce erau pe drum, au fost luați prizonieri de către regaliști pe 21 martie la Norias del Baján sau Acatita del Baján. Hidalgo a fost dus la Monclova, de acolo a plecat pe 26 martie prin Alamo și Mapimi și pe 23 a intrat în Chihuahua. Apoi s-a format procesul, iar pe 7 mai a fost luată prima declarație. Caracterul ecleziastic al lui Hidalgo a făcut ca procesul său să fie întârziat mai mult decât cel al însoțitorilor săi.
Sentința de retrogradare a fost pronunțată pe 27 iulie și pe 29 iulie a fost executată la Spitalul Regal unde a fost închis Hidalgo. Consiliul de război a condamnat prizonierul să fie pus în arme, nu într-un loc public precum tovarășii săi, și împușcându-l la piept și nu la spate, păstrându-și astfel capul. Hidalgo a auzit propoziția calm și s-a pregătit să moară.
Ultima sa zi a fost descrisă astfel: „Întorcându-se la închisoare, i s-a servit un mic dejun cu ciocolată și, luând-o, a implorat ca în loc de apă să i se servească un pahar de lapte, pe care l-a încheiat cu o etalare extraordinară de apetit și plăcere. O clipă mai târziu, i s-a spus că a sosit momentul să mergem la tortură; A auzit-o fără modificări, s-a ridicat în picioare și a declarat că este gata să plece. A ieșit, de fapt, din cubul hidos în care se afla și, avansând la cincisprezece sau douăzeci de pași de el, s-a oprit o clipă, pentru că ofițerul de gardă îl întrebase dacă i se oferea ceva să dispună de ultimul; La aceasta, el a răspuns că da, a vrut să-i aducă niște dulciuri pe care le-a lăsat pe perne: le-au adus într-adevăr și, după ce le-au distribuit printre aceiași soldați care ar fi trebuit să-l aprindă și să mărșăluiască în spatele lui, i-a încurajat și mângâiat cu iertarea și cele mai dulci cuvinte ale sale pentru a-și face treaba; Și, deoarece știa foarte bine că i se poruncise să nu-și tragă capul și se temea că va suferi foarte mult, pentru că era încă amurg și obiectele nu erau văzute clar, a încheiat spunând: „Mâna dreaptă pe care o voi pune pe piept va fi , copiii mei, ținta sigură la care trebuie să mergeți ”.
„Banca torturii fusese așezată acolo într-un coral interior al școlii menționate, spre deosebire de ceea ce s-a făcut cu ceilalți eroi, care au fost executați în piața mică din spatele clădirii respective și unde se află monumentul astăzi. ceea ce ne amintește de el și de noul mall care îi purta numele; iar când Hidalgo a știut locul căruia i se adresează, a mers cu un pas ferm și senin și fără a permite ochilor să-i fie legați la ochi, rugându-se cu o voce puternică și fierbinte psalmul Miserere me; A sosit la eșafod, l-a sărutat cu resemnare și respect și, în ciuda unor altercații care nu l-au făcut să stea cu spatele întoars, a luat locul cu fața în față, și-a așezat mâna pe inimă, a reamintit soldaților că acesta era punctul în care ar trebui să-l împuște și o clipă mai târziu a explodat descărcarea a cinci puști, dintre care una a străpuns efectiv mâna dreaptă fără a răni inima. Eroul, aproape impasibil, și-a încordat rugăciunea, iar vocile lor au fost reduse la tăcere când au fost detonate din nou alte cinci boturi de pușcă, ale căror gloanțe, trecând pe lângă corp, au rupt legăturile care îl legau de bancă, iar omul a căzut într-un lac de sânge. nu murise încă; erau necesare încă trei gloanțe pentru a pune capăt acelei existențe prețioase, care respectase moartea de mai bine de 50 de ani ".
Capul său, cu cele ale lui Allende, Aldama și Jiménez, a fost așezat în cuști de fier în colțurile Alhóndiga de Granaditas din Guanajuato. Corpul a fost îngropat în ordinul al treilea din San Francisco de Chihuahua, iar în 1824 trunchiul și capul au fost aduse în Mexic, pentru a fi îngropate cu mare solemnitate.
