Calleja a fost organizatorul și șeful armatei centrale (1810-12) în timpul Războiului de Independență și al șaizecelea vicerege al Noii Spanii, care a domnit între 1813 și 1816, fiind unul dintre marii ticăloși din istoria Mexicului.
S-a născut în Medina del Campo, Valladolid și a murit în Valencia. El a făcut prima campanie ca sublocotenent în nefericita expediție din Alger, condusă de contele O'Reilly în timpul domniei lui Carol al III-lea. A fost profesor și căpitan al unei companii de 100 de cadeți, printre care Joaquín Blacke, regent după Spania, și Francisco Javier de Elío, viitor vicerege al Buenos Aires, la Școala Militară din Puerto de Santa María.
A sosit în Noua Spanie cu al doilea cont de Revillagigedo (1789), în calitate de căpitan atașat regimentului de infanterie fix din Puebla și a îndeplinit cu succes mai multe comisii până când a fost numit comandant al brigăzii San Luis Potosi. A avut acolo sub comanda sa cantonul de trupe ordonat să se adune de către vicerege Marquina, la care a participat împreună cu compania sa căpitanul Ignacio Allende. Acolo s-a căsătorit și cu Doña Francisca de la Gándara, fiica steagului regal al acelui oraș, care era proprietarul marelui Hacienda de Bledos; și a dobândit o mare influență asupra oamenilor din țară, care l-au cunoscut drept „maestrul Don Félix”.
Când s-a produs insurecția lui Hidalgo, fără să aștepte ordinele viceregelui, el a pus trupele brigăzii sale pe arme, le-a mărit cu altele noi și le-a organizat și disciplinat, a format armata mică (4.000 de oameni), dar puternică a centrului, care a reușit să învingă Hidalgo și se confruntă cu formidabila ofensivă începută de Morelos.
Calleja s-a retras în Mexic după asediul de la Cuautla (mai 1812), avea în reședința sa (Casa de Moncada, numită ulterior Palacio Iturbide) micul său tribunal unde nemulțumirea față de Guvernul de la Venegas, pe care l-au acuzat de lipsă de bani și neputincios să conțină și să pună capăt revoluției. Aproximativ 4 ani mai târziu a condus țara ca vicerege. El a completat armata făcând-o să ajungă la 40.000 de oameni din trupe de linie și miliții provinciale și tot atâtea regaliști s-au organizat în toate orașele și moșiile, ambele părăsind în mare parte provinciile aflate în revoluție; a reorganizat Trezoreria Publică, ale cărei produse au crescut odată cu noi impozite; a restabilit traficul mercantil cu convoiurile dese care circulau din nou de la un capăt la altul al regatului și serviciul poștal obișnuit; și a crescut performanța și produsele vamale.
Aceasta implică campaniile continue și intense pe care le-a promovat împotriva insurgenților, în care Morelos a cedat. Om hotărât și lipsit de scrupule, nu s-a oprit în mass-media și nu a închis ochii la abuzurile pe care le-au comis comandanții săi, dacă au servit adevărata cauză cu zel. S-a făcut astfel urât față de contemporanii săi.
Revenit în Spania, a primit titlul de conte de Calderón (1818) și marile cruci ale lui Isabel la Católica și San Hermenegildo. După ce a fost căpitan general al Andaluziei și guvernator al Cádizului, el a comandat trupele expediționare din America de Sud, care s-au ridicat înainte de a pleca și l-au redus la închisoare (1820). Eliberat, a refuzat Guvernul din Valencia și a fost din nou închis, la Mallorca, până în 1823. „Purificat” în 1825, a rămas în cazarmă în Valencia până la moartea sa.
