Creștinarea yaquisilor a fost ceea ce a permis religiei să se răspândească în 1609, pătrunzând pe teritoriul Sonorei.
În timpul coloniei, Sonora a corespuns numai versanților Sierra Madre Occidental incluși în limitele entității respective. Regiunea care se îndrepta spre nord de râul Yaqui, inclusiv Real de la Cieneguilla, a fost numită Pimería Baja, iar cea mai nordică regiune de la acel râu până la râul Colorado - deja în actualul stat nord-american Arizona - a fost numită Pimería Alta.
Actualul teritoriu Sonoran include, de asemenea, o mică regiune din sud-vestul a ceea ce era atunci cunoscut sub numele de Pimería, situat în statul Chihuahua și Ostimuri, un loc situat pe coastele Golfului California, între râurile Mayo și Yaqui.
În 1614, misionarii Pérez de Rivas și Pedro Méndez i-au creștinizat pe mayași în zona Ostimuri, împărțind misiunea în trei districte: Santa Cruz (la gura Mayo), Navojoa și Tesia.
Tepahues au fost încorporate împreună cu Cornicaris în 1620. Părintele Miguel Godínez a fondat misiunile San Andrés de Cornicari și Asunción de Tepahui . În același an a fost fondat Rectoratul din San Ignacio, care a inclus, pe lângă cele cinci misiuni menționate anterior, pe cele ale Bacúm, Torín și Rahún, situate la gura Yaqui.
În 1617 yaquisii au fost convertiți de părinții Pérez de Rivas și Tomás Basilio. În ciuda revoltelor, revoltelor, chinurilor și omuciderilor suferite, conversia Sonorei a fost mai rapidă și mai consolidată. Până în secolul al XVII-lea, iezuiții s-au extins și au fondat misiunea Maycoba și Yecora în partea de sud-vest a ceea ce ei au cunoscut sub numele de Chínipas.
Misiunile de la râul Yaqui spre nord au fost împărțite în patru rectorate: cea din San Borja a grupat misiunile: Cucumaripa și Tecoripa , fondată în 1619; Movas și Onovas, în 1622; Sahuaripa în 1627; Matape în 1629; Onapa în 1677 și Arivechi , în 1727. Rectoratul celor Trei Sfinți Mucenici din Japonia care a inclus Batuco fondat în 1627, Oposura în 1640 și Bacadeguachi , Guazavas , Santa María Baceraca și San Miguel Bavispe , fondat în 1645. Și rectoratul din San Javier care a integrat misiunile Ures în 1636; Aconchi, Opodepe și Banámichi în 1639; Cucurpe și Arizpe în 1648 și Cuaquiárachi în 1655.
În 1687 misionarul Eusebio Francisco Kino a intrat în Pimería Alta și a început misiunile Rectoratului Nuestra Señora de los Dolores, fondând: Caborca, la care a fost repartizat Francisco Javier Saeta care păstrează corespondența cu sprijinul său spiritual, tatăl Kino; Atil, Tubutama, Doamna noastră a durerilor din Saric, Pitiquito, Aiil, Oquitoa, Magdalena, San Ignacio, Cocóspera și Imuris.
După expulzarea iezuiților, misiunile au fost în sarcina franciscanilor, care nu au mai construit și s-au limitat doar la încercarea de a păstra cele existente. Odată ce iezuiții au stabilit deja așezări în Sinaloa și Sonora, și-au îndreptat privirea spre teritoriul californian.
